Man ved ikke meget om, hvorfor én slags mad giver allergi og andet ikke gør. Man ved heller ikke, hvorfor nogen reagerer allergisk på mad og andre ikke, kun at arv spiller ind.
Tarmkanalen er indrettet til at beskytte os mod fremmede stoffer i det, vi spiser. Derfor er der mange hvide blodceller i tarmene – ca. en tredjedel af alle hvide blodceller befinder sig her for at passe på os.
Når maden kommer ned i tarmen, optages proteinerne og de mindre byggesten (aminosyrerne) gennem tarmvæggen. Immun-systemet registrerer det fremmede protein og sørger for at regulere dannelsen af antistoffer.
De mennesker, der har dannet overfølsomheds-antistoffer mod fødevarer, kan få en allergisk reaktion i mavesæk og tarm, når de spiser det, de ikke tåler. Det kan give opkastning, mavesmerter, oppustethed og diarré. Varer symptomerne længe, kommer måske også vægttab og underernæring.
Der er sygdomme, der kan minde om allergi over for mad, f.eks. forgiftninger, infektioner – med bakterier, virus og parasitter (orme og amøber), bindevævs-sygdomme og andre immunologiske sygdomme – morbus Crohn, colitis ulcerosa og gluten-intolerance. Ved laktose-intolerance (malabsorption) mangler det enzym, der skal nedbryde laktose. Så kommer laktosen til at virke som et afføringsmiddel.
Svær allergi for mad viser sig ikke kun i mave og tarm. Der kan komme reaktioner både fra hud, lunger og kredsløb.