Man kender ikke årsagen til børne-eksem, men mere end halvdelen af dem, som får eksemet, har allergi i den nærmeste familie. Forældre og/eller søskende har enten børne-eksem, astma, høfeber og/eller anden allergi.
Hos en del med børneeksem har man fundet en ændring i et gen, som skal sørge for dannelsen af et protein, der kaldes filaggrin. Filaggrin er med til at gøre huden tæt og modstandsdygtig. Mangler man filaggrin vil huden være mere tør og mindre modstandsdygtig for påvirkninger udefra.
Der er en lang række “ydre” faktorer, som kan udløse og/eller forværre eksemet, både allergiske og især ikke-allergiske.
Blandt de allergiske årsager er husstøvmider, dyrehår, pollen og mad.
Blandt de ikke-allergiske årsager er sved, hud-irriterende kemiske stoffer, visse typer beklædning (f.eks. uld), infektioner, kulde, tør luft, varme bade samt psykisk stress.
Skiftende årstider kan også have en indflydelse på eksemet. De fleste har det bedst om sommeren, hvor luften ikke er så tør, og huden får sol.
Børne-eksem kan af og til forværres af fødevarer, men det er heldigvis sjældent. Hvis man har mistanke til konkrete fødevarer, skal man tale med lægen om, hvordan det kan afklares. En del mindre børn er på forskellige diæter, fordi deres forældre tror, det er kosten, der giver eksem – uden at det er rigtigt. Nogle gange er disse diæter så ensidige, at børnene bliver fejl-ernæret.